In Linux ed Unix ogni cosa è un file. Le cartelle sono file, i file sono file, ed i dispositivi sono file. I dispositivi sono di solito chiamati anche nodi; comunque, sono sempre file.
I sistemi Linux ed Unix sono organizzati in una struttura gerarchica, ad albero. Il livello più alto del sistema dei file è il / o cartella radice. Tutti gli altri file e cartelle esistono sotto la cartella radice. Per esempio, /home/jebediah/cheeses.odt mostra il percorso corretto per il file cheeses.odt che esiste nella cartella jebediah, che è sotto la cartella home, che a sua volta è sotto la cartella radice (/.
Sotto la cartella radice (/) vi è un insieme di cartelle importanti comuni alla maggior parte delle distribuzioni Linux. La seguente è una lista di cartelle comuni che sono direttamente sotto la cartella radice (/):
/bin - importanti comandi, che storicamente sono stati binari, ma possono essere anche script di shell
/boot - boot file di configurazione, kernel ed altri file necessari al momento del boot
/dev - i file dei device (dispositivi)
/etc - file di configurazione, script d'avvio, etc.
/home - cartelle home per i diversi utenti
/initrd - usata quando si crea un iniziale RAM Disk personalizzato
/lib - librerie di sistema
/lost+found - fornisce un sistema lost+found per i file che esistono sotto la cartella radice (/)
/media - media rimovibili montati (caricati) automaticamente come CD, fotocamere digitali, etc.
/mnt - sistemi di file montati manualmente nel proprio hard disk
/opt - fornisce una collocazione per applicazioni opzionali (di terze parti) per l'installazione; queste sono solitamente compilate staticamente e possono essere usate in altre versioni o distribuzioni Linux
/proc - cartella speciale dinamica che mantiene informazioni sullo stato del sistema, inclusi i processi attualmente in esecuzione
/root - la cartella home dell'utenteroot, che si pronuncia "slash-root"
/sbin - importanti binari e script di sistema, intesi solitamente per essere eseguiti come utente root
/srv - può contenere file che sono al servizio di altri sistemi
/sys - simile al sistema dei file /proc, ma contiene informazioni di sistema non relative a processi in esecuzione
/tmp - file temporanei
/usr - applicazioni e file in sola lettura che sono per la maggior parte disponibili all'accesso da parte di tutti gli utenti
/var - file variabili come log e database