Il file system di Linux e Unix è organizzato in una struttura ad albero gerarchica. Il livello più alto del file system è / o directory root. Nella filosofia di Unix e Linux, tutto è considerato un file (inclusi i dischi fissi, le partizioni e i dispositivi rimovibili). Questo significa che tutti gli altri file e directory (inclusi gli altri dischi e partizioni) esistono sotto la directory root .
Per esempio, /home/mario/ubuntu.odt mostra il percorso assoluto al file ubuntu.odt presente nella directory mario all'interno della directory home che a sua volta è contenuta nella directory root (/).
All'interno della directory root (/) è presente un insieme di directory comuni a tutte le distribuzioni Linux. Quello che segue è un elenco delle directory più comuni presenti nella directory root (/):
/bin: applicazioni binarie importanti
/boot: file necessari per il boot (avvio) del computer
/dev: file dei device (dispositivi)
/etc: file di configurazione, script di avvio, etc...
/home: directory home degli utenti
/lib: librerie di sistema
/lost+found: fornisce un sistema lost+found per i file contenuti all'interno della directory root (/).
/media: dispositivi rimovibili (media) montati (caricati) come CD, fotocamere digitali, ecc... .
/mnt: filesystem montati
/opt: posizione dove vanno installate le applicazioni opzionali (optional)
/proc: directory speciale e dinamica dove vengono mantenute le informazioni riguardanti lo stato del sistema, inclusi i processi attualmente in esecuzione
/root: home directory dell'utente root
/sbin: binari di sistema importanti
/sys: contiene informazioni riguardo il sistema (system)
/tmp: file temporanei
/usr: file e applicazioni che sono per la maggior parte disponibili a tutti gli utenti (users)
/var: file variabili come log e database